乳腺增生的发病原因较复杂，绝大多数与体内雌激素和孕激素分泌比例失调有关。正常情况下，雌激素促进乳管及乳周纤维组织生长，孕激素促进乳腺小叶及乳泡组织发育。在月经周期中，如果雌激素分泌过多，而孕激素分泌过少则容易造成二者比例失调，导致乳腺组织过度增生且不能完全复原，乳腺组织增多，组织结构紊乱。此外，长期不良的精神刺激，情志不舒亦可导致乳腺增生；一侧乳腺癌手术后，对侧乳腺有可能出现代偿性增生。
乳腺组织是多种激素作用的靶器官，且乳腺癌在流行病学上的许多特点也与内分泌功能有关。
雌激素是乳腺发育的基本因素，也是致癌的先决条件之一。卵巢产生的雌激素有雌二醇、雌酮和雌三醇，实验证明，前二者是较强的雌激素，有较强的致癌作用。雌三醇的作用很小，实际上没有致癌的可能性，反而能对抗其他两种激素的致癌作用。故认为雌二醇和雌酮的异常增加和雌三酮的缺乏，是乳腺癌的病因之一。检测乳腺癌高发区和低发区妇女的尿液中雌激素的含量，发现低发区妇女尿中的雌三醇高于高发区，尤以年轻组的差别较为明显。流行病学观察表明，青春期前几乎没有乳腺癌的发生，此外，40岁以前卵巢切除的妇女，乳腺癌的发生较少。相反初潮年龄较小、绝经较晚的妇女，乳腺癌发病增加。据报道，初潮年龄早于13岁者发病的危险性为年龄大于17岁者的22倍，绝经年龄大于55岁者比小于45岁者的危险性增加1倍，行经40年以上的妇女比行经30年以下的妇女，发生乳腺癌的危险性增加1倍。临床治疗中，切除卵巢可使部分乳腺癌病人得到缓解。用雄激素如睾丸素等治疗晚期乳腺癌亦能收到疗效。以上表明，卵巢内分泌功能与乳腺癌的发生发展关系密切。
另有研究表明，乳腺癌的发生可能与孕酮水平低下有关。孕酮的生理作用是刺激乳腺生长，抑制垂体的促性腺激素，对抗雌激素和雄激素。据调查，在已婚女性的乳腺癌病人中，66%有原发或继发性不孕史，表明患者在患病前后有较少排卵史，由于停止排卵，从而降低了孕酮的产生。
哺乳可降低乳腺癌发病的危险性。第一次生产后哺乳期长者，乳腺癌危险性降低。哺乳总时间与乳腺癌危险性呈负相关。这可能与哺乳推迟了产后排卵及月经的重建，并使乳腺组织发育完善有关。
甲状腺素与乳癌的发生也有密切关系。一般认为甲状腺功能低下的女性，乳腺癌的发生率较高，甲状腺功能亢进的患者则很少发生乳腺癌，可能是由于促甲状腺释放激素增加，从而促进催乳素的分泌所致。
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